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蛋白质组学研究策略可分为发现蛋白质组学和靶向蛋白质组学。发现蛋白质组学更关注蛋白质筛选和动力学，而靶向蛋白质组学更侧重于检测目标蛋白质/多肽以实现绝对定量。
靶向蛋白质组学分析策略
SRM/MRM通过两阶段离子选择消除了多数干扰离子。质谱的化学干扰降低，显着提高了目标检测器的信噪比，从而实现了高检测灵敏度。
PRM可以在一小时内同时定量50种蛋白质，而无需使用抗体。也无需选择离子对和优化碎片能量，即可轻松完成产物离子的全面扫描。PRM可以从目标离子对碎片检测转换中检所有目标离子，从而减少工作量，并使得分辨率更高。
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