中芯一号 独家SNP芯片

一、         产品简介

“中芯一号” 以江西农业大学黄路生院士团队研究成果为基础，并集成了南京农业大学、中国农业大学、北京畜牧兽医研究所、华中农业大学等国内12所猪基因组研究领域高校及科研院所最新成果。用于家猪基因组育种研究和应用，为打造“华系种猪”品牌提供技术保障。北京康普森生物技术有限公司为“中芯一号”唯一授权备货公司。

二、         芯片设计特点

先进性

按功能区分标记类型：因果突变、紧密关联、一般关联、基因组分布点

包含控制重组率基因：可通过重组增大表型变异，增加遗传进展

因果基因效应已知：部分功能检测不需要构建参考群，新测表型可纳入现有参考群中更新效应

芯片可升级：可依据增测的表型数据和填充后的基因组全序列不断增加因果位点和紧密关联点数目，升级芯片

考虑冷热点：考虑重组冷热点，设计芯片分布密度

评估方法先进：可根据标记效应给予权重或自定义权重计算出亲缘关系矩阵，估算的显性效应能有效用于个体选配方案制定

全面性

评估群体全面：杜长大、F2 资源家系、两头乌、苏太、嵌合家系、莱芜、二花脸、巴马香、疝气等9 个群体作为参考群

评估性状全面：涵盖从出生到屠宰整个生育期的繁殖、生长肥育、胴体、肉质、免疫等7 大类422个性状

单倍型库全面：目前已有涵盖杜、长、大主要商业品种及中国六大类地方品种高覆盖度的基因组全序列单倍型库

三、         芯片应用场景

育种应用：1. 基因组选择 2. 种质资源鉴定 3. 亲缘关系鉴定 4. 经济性状评估

基础科研：1. 全基因组关联分析（GWAS 分析） 2. 全基因组连锁分析（QTL 分析）3. 精细定位 4. 群体遗传学分析（进化、驯养、遗传多样性）