DNA甲基化

（1）DNA甲基化测序RRBS

Reduced Representation Bisulfite Sequencing（RRBS）是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，通过酶切富集启动子及CpG岛区域，并进行Bisulfite测序，同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的热点，与基因表达、表型性状息息相关。RRBS作为一种高性价比的甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。
技术优势
·         精确度高：在其覆盖范围内可达到单碱基分辨率；
·         重复性好：多样本的覆盖区域重复性可达到85%-95%，适用于多样本间的差异分析；
·         检测范围广：覆盖全基因组范围内超过5百万个CpG位点；
·         性价比高：测序区域更有针对性，数据利用率更高。
研究结果充分证明了RRBS技术的可靠性。RRBS可作为一种更高效经济的研究方法，可应用于检测全基因组启动子和CpG岛区域DNA甲基化状态。

分析内容
1. 数据产出统计：对测序结果进行图像识别、去污染、去接头，统计结果包括read长度、read数据、数据产量;
2. RRBS序列与参考序列的比对；
3. Promoter和CpG岛（CGI）覆盖度分析；
4. Promoter和CGI区甲基化分析；
5. 差异性甲基化区域（DMR）分析。

（2）Illumina Human 甲基化450K芯片服务
每张芯片包含45万个CpG 位点，24846个基因来自于CCDS，2000多个 癌症相关基因、 400 个miRNA 基因启动子区 ，300个甲基化热点区。全面覆盖基因的启动子区域、5`UTR、第一个exon、基因内部、3`UTR，全面覆盖CpG island、CpG shores、CpG shelves；并且覆盖了科学家们研究发现的一些其它重点区域，如：CpG island以外的CpG位点、在人类干细胞中观察到的非CpG岛甲基化位点、多种肿瘤样品与正常样品以及不同组织之间有差异的甲基化位点、miRNA启动子区域以及GWAS项目发现的疾病相关区域位点、FANTOM 4 启动子等。
实验流程：
1.基因组DNA；
2.亚硫酸氢盐转化；
3.VCA方式扩增、片段化；
4.芯片杂交、洗脱、延伸、成像；
5.数据分析.
（3）DNA甲基化免疫沉淀测序服务（MeDIP-seq）
DNA甲基化 免疫共沉淀测序（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，MeDIP-Seq）先用5'-甲基胞嘧啶抗体富集胞嘧啶甲基化的基因组片断，然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组，所需测序数据量较少，但不能在单碱基分辨率水平上检测DNA胞嘧啶甲基化状态。

研究流程示例（上图）

MeDIP-Seq实验流程（上图）

MeDIP-Seq数据分析流程