微生物多样性分析

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北京亿鸣复兴生物科技有限公司
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所属分类：技术服务 » 生物技术服务 » 微生物学服务
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环境微生物多样性检测，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究，通过对核糖体RNA高变区域(比如16S/18S/ITS等序列)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)进行 PCR扩增和测序，然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律，对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。

克隆文库分析: PCR方法扩增特定环境样品中细菌16SrDNA或真菌18SrDNA/ITS，使用TA克隆方法构建克隆文库，挑选阳性克隆测定基因序列，并与GenBank中已知序列进行同源性比较，获得特定环境中的微生物群落结构和多样性信息。
T-RFLP末端限制性酶切片段分析: PCR方法扩增特定环境样品中细菌16SrDNA或真菌18SrDNA/ITS，采用T-RFLP限制性内切酶对扩增产物进行限制性酶切，利用DNA分析仪分析末端限制性酶切片段，获得末端限制性酶切片段长度，峰高及面积等信息，PAT数据库分析比对获得特定环境中的微生物群落结构及多样性信息。
DGGE变性梯度凝胶电泳分析: PCR方法扩增特定环境样品中细菌16SrDNA或真菌18SrDNA/ITS，通过变性梯度凝胶电泳分析环境样品中微生物菌群落结构;将凝胶电泳条带回收后克隆测序，确定微生物种属关系，获得特定样品中的微生物多样性信息。
高通量测序MiSeq分析: 采用第二代高通量测序平台MiSeq，对核糖体RNA高变区域，比如16SrDNA/18SrDNA/ITS等序列，或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种属关系，获得特定样本中的微生物多样性信息。

DGGE变性梯度凝胶电泳

      变性梯度凝胶电泳是将DNA置于双重变性条件(温度和变性剂)下进行SDS-PAGE电泳的一种分析方法。当一双链DNA片段通过一变性剂浓度呈梯度增加的凝胶时，此片段迁移至某一点变性剂浓度恰好相当于此段DNA的低熔点区的Tm值，开始解链，而高熔点区仍为双链。这种局部解链的DNA分子迁移率发生改变，从而达到分离的效果。

      然而，一旦温度(或变性剂浓度)达到DNA片段最高的解链区域熔解温度时，DNA片段会完全解链，成为单链DNA分子，此时它们又能在胶中继续迁移。因此，如果不同DNA片段的序列差异发生在最高的解链区域时，这些片段就不能被区分开来。在DNA片段的一端加入一段富含GC的DNA片段(GC夹子:一般30-50个GC碱基对)，能够保证DNA片段最高解链区域在GC夹子处，它的高解链温度可以防止DNA片段在DGGE胶中完全解链。

      Tm的改变依赖于DNA序列，加了GC夹子后，DNA片段中基本上每个碱基处的序列差异都能被区分开。因此，理论上DGGE可以检测DNA分子中的任何一种单碱基的替代、移码以及缺失。

采用特异性扩增引物扩增特定环境样品中细菌16SrDNA、真菌18SrDNA/ITS或功能基因DNA，通过变性梯度凝胶电泳分析环境样品中微生物菌群落结构;将凝胶电泳条带回收后克隆测序，确定微生物种属关系，获得特定样品中的微生物多样性信息。

您获得的DGGE数据结果包括:

如果您需要进行其他数据分析，请提供相应数据分析相关文献。

MiSeq高通量测序
采用第二代高通量测序平台MiSeq，对核糖体RNA高变区域，比如16SrDNA/18SrDNA/ITS等序列，或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种属关系，获得特定样本中的微生物多样性信息。

MiSeq 测序仪具有样品制备迅速、测序时间快(8小时内)、测序总长长的特点，能在短时间内获得高质量测序结果。同时，Miseq测序仪整合了簇生成、SBS测序和完整的数据分析，而不再需要配置辅助性硬件。每次反应可以产生6G以上的数据，测序读长可达到2×250bp，使每个样品的测序量达到普通测序的几百倍，而单条序列的测序费用远低于普通测序。基于以上特点，Miseq逐步被广泛应用于环境微生物多样性研究。

根据客户提供的样本(环境样本、基因组DNA、PCR产物)及需要检测的微生物多样性类型(细菌、古菌、真菌、功能基因)，利用Miseq测序平台对目的片段进行高通量测序，并对测序结果进行生物信息学的分析。