DIA-PRM蛋白质组学

DIA（data-independent acquisition）指数据非依赖型扫描模式，是基于静电场轨道阱Orbitrap的一种全息式的质谱数据采集模式。相对于DDA（数据依赖性的扫描模式），DIA技术将质谱整个扫描范围分为若干个窗口，对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂、检测，具有更好的准确性和可重复性。PRM（parallel reaction monitoring）是一种基于高分辨率和高精度质谱的离子监测技术，是目前靶向蛋白质组学数据采集的主流方法，通过对特异性肽

细胞表面蛋白质组学

细胞表面蛋白质是一类特殊的蛋白质。它们具有十分重要的功能，如管理细胞功能以及通过转运代谢产物、离子、其他溶质等在细胞与环境之间进行通信。细胞表面蛋白质在不同细胞类型之间有所不同。此外，即使是特定的细胞类型，它也可以在正常或患病状态下发生改变。因此，有许多关于细胞表面蛋白的重要应用，例如区分细胞表型和疾病状态，用于预后和治疗靶标等的研发。细胞表面呈现出各种疾病的关键生物标志物和潜在药物靶标。目前，开

外泌体蛋白质组学

外泌体是直径为30-150 nm的常见细胞囊泡（EVs）之一。它们主要来源于细胞内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体，经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中，例如组织和各种生物体液，包括血清/血浆、脑脊液和尿液（体内）。此外，外泌体也可以在体外存在于一定条件下的培养基中。细胞囊泡在各类生理过程中具有重要的功能，与一般的细胞囊泡相比，我们仍然不清楚外泌体在临床生物标志物领域的功能。随着外泌体分离技术的发展，人们

石蜡包埋样品蛋白质组学

用于蛋白质组学质谱分析的动物样品主要以新鲜组织、血液、尿液和细胞为主。石蜡包埋的样本，特别是临床上的石蜡包埋样本，具有病史清楚、诊断明确、临床资料详尽等优点，能长期稳定室温保存，对疾病的研究具有极高的应用价值。因此，针对石蜡包埋样本的蛋白质组学研究，在疾病机理研究、生物标志物发现，尤其是罕见病的研究中具有十分重要的意义。百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合nanoLC-MS/

平行反应监测PRM服务

平行反应监测（PRM）是一种基于高分辨率和高精度质谱的离子监测技术。PRM技术的原理与SRM/MRM的原理类似，但在分析方法的开发中，PRM更常用于对蛋白质和多肽进行绝对定量。PRM技术能实现复杂样品中的attomole级别的多种蛋白质的检测。平行反应监测（PRM）PRM是以Q-Orbitrap为基础的四极杆高分辨率质谱检测平台。与SRM每次执行一次跃迁不同，PRM通过前体离子对每次跃迁执行全扫描，也就是说，同时监控前体离子的所有碎片：首先，PRM

绝对定量分析（AQUA）

AQUA绝对定量分析是一种靶向定量蛋白质组学技术，在各类定量蛋白质组学研究中应用广泛。绝对定量策略可用于蛋白质及其修饰状态的绝对定量。将稳定同位素标记的合成肽作为内标，可以模拟蛋白水解形成的天然肽，也可以利用共价修饰（如，磷酸化，甲基化，乙酰化等）来制备。通过在串联质谱中使用选择反应监测分析（selected reaction monitoring, SRM），将AQUA内标肽用于蛋白水解后精确定量地测定蛋白质和翻译后修饰蛋白质的绝对水

基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

所有经由HLA-I、II分子呈递在细胞表面，供T细胞检测识别的短肽，称为免疫多肽组（Immunopeptidome）。免疫多肽组学分析，旨在研究I型和II型免疫肽的动力学和组成。免疫多肽组学的深入表征可以应用于癌症、免疫疾病和传染病的新疗法的开发。免疫肽是由有核细胞在HLA或MHC抗原呈递途径的I型和II型蛋白上提交的全部肽。它在细胞介导和体液反应中定义免疫原性表位是必不可少的。确定免疫肽的特性能够帮助我们发现个性化癌症免疫治疗的

多肽生物标志物鉴定

生物标志物是一种可以被测量和评估的特征，可作为正常生物学过程、病理过程或治疗干预的药理学反应的指标，多肽可作为理想的生物标志物。由于多肽可以在生物体的各个部位之间进行迁移，因此许多致病过程可以通过不同体液中多肽组成的特征、病理学变化来反映，与各种疾病有关的多肽丰度变化可以被检测到。有两种常见的肽类生物标志物的研发模式：模式识别和单/寡生物标志物检测。模式识别法，不需要获得候选生物标志物的身份信息，

多肽质谱鉴定

多肽是由一系列氨基酸组成的化合物分子。它们与蛋白质结构类似，在血压调节，痛觉缺失，葡萄糖代谢等生理过程中均有重要作用。但多肽的大小远比蛋白质要小。内源多肽多是由前体蛋白经过各种加工酶的裂解生成。在特定生理条件下对所有表达的多肽进行的研究，称为多肽组学（peptidomics）。多肽鉴定的目的是为了实现“Peptide-Spectrum Matches”，简而言之，对多肽的序列信息进行检测，从而获取多肽的序列或翻译后修饰信息。串联质

基于Top down自上而下法的PTMs表征

自上而下Top down MS可全面分析蛋白质翻译后修饰，因为自上而下法无需水解即可分析完整的蛋白质或肽。因此，在单克隆抗体和重组蛋白等蛋白质生物类药物的分析中，该策略可以保留在鸟枪法下使用CID裂解分析时丢失的大部分不稳定修饰信息。基于Top down自上而下法的PTMs表征通过ECD和ETD进行Top down自上而下质谱分析法，在测定完整的蛋白质或肽质量、定量多种修饰蛋白质形式、绘制有较高覆盖率的修饰图谱、鉴定未预测的PTMs以及确定

酰化定量蛋白质组研究

酰化修饰是蛋白质的一种翻译后修饰。细胞重要中间代谢产物，酰基-CoA类化合物，作为供体直接参与生物体内的蛋白酰化修饰，从而调控多种重要生物学过程，如表观遗传、能量代谢、蛋白转运和互作等等。蛋白质酰化修饰是目前生命科学研究的热点之一。在蛋白质酰化修饰中，最早发现和研究最多的是乙酰化修饰，近几年来又发现了丙酰化、丙二酰化、戊二酰化、琥珀酰化、巴豆酰化等多种酰化修饰。酰化定量蛋白质组研究通过对不同生理或病理

甲基化定量蛋白组学研究

甲基化修饰（Methylation）是最常见的蛋白质翻译后修饰之一。甲基化多发生在转录因子和组蛋白上，也有少量胞质蛋白会发生甲基化修饰。甲基化可发生在精氨酸（R）和赖氨酸（K）残基上，包括单甲基化、对称/非对称二甲基化和三甲基化等。精氨酸甲基化可调控RNA加工、基因转录、DNA损伤修复、蛋白质转位及信号转导等过程。赖氨酸甲基化可调控组蛋白功能及参与基因转录的表观调控。利用针对不同甲基化位点和修饰形式的特异性抗体对甲基

多通路磷酸化蛋白质组学

蛋白质磷酸化修饰是一种可逆的蛋白质翻译后修饰，其中蛋白质的氨基酸残基通过加入共价结合的磷酸基而被蛋白激酶磷酸化。磷酸化修饰会改变蛋白质的结构构象，导致蛋白质被激活、失活，或被改变功能。研究蛋白磷酸化有助于了解生命活动，且有助于阐述与蛋白磷酸化异常有关的疾病的机制。由于磷酸化修饰的蛋白质在生物样本中含量低、动态范围广，利用定量蛋白组学分析手段对磷酸化蛋白样品进行定量分析前，需要对磷酸化肽段进行富集从

基于TMT的蛋白质组学分析

Tandem mass tags, TMT技术是用Thermo公司开发的串联质谱标记技术，主要用于鉴定和定量不同样品中的蛋白质。每种TMT标记试剂由：具有胺反应活性的NHS-酯基团，质量标准化基团和MS/MS报告基团组成。每个标记试剂的同位素标签具有相同的前体质量，试剂标记酶解后的肽段，可与氨基酸N端及侧链的伯胺基团发生反应，再通过报告基团进行检测TMT技术最多可采用11种稳定同位素标签，可同时比较多达10种不同样本中蛋白质的相对含量，可标记

DIA定量蛋白质组学

DIA（data-independent acquisition）指数据非依赖型扫描模式，是基于静电场轨道阱Orbitrap一种全息式的质谱数据采集模式。DIA在一级质谱检测后，会对特定质荷比范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子，并快速依次扫描相邻的母离子宽口内的所有碎片离子，从而进行蛋白的定性和定量。相对于DDA（数据依赖性的扫描模式），DIA具有更好的准确性和可重复性。SWATH技术就是一种DIA技术，综合了shotgun蛋白组学高通量检

样品蛋白质组学

蛋白质组学的常见样品包括细胞样品、组织样品和体液样品。细胞样品包括动物细胞、植物细胞和真菌、细菌等微生物细胞，组织样品包括动物组织和植物组织，体液样品包括血清、血浆和尿液等。此外，蛋白质组学研究的样品可以是来自蛋白质胶点、胶条、IP或Co-IP样品、石蜡包埋样品、外泌体、亚细胞等等。总之，凡是含有蛋白质组的都可以作为蛋白质组学研究的样品。只是，不同的样品用于蛋白质组学研究时所需的制备方法可能会有所不同。

靶向蛋白质组学

靶向蛋白质组学，是在蛋白质组学的基础上发展而来的专门针对特定的目标蛋白质进行定量研究的一门科学。相比于非靶向蛋白质组学，靶向蛋白质组学有针对性的选择离子进行质谱数据采集，因此可以用于大量样本的分析且具有更好的准确性、灵敏度和重现性。靶向蛋白质组学可应用于翻译后修饰、蛋白质构象、蛋白质与蛋白质相互作用、动力学以及代谢和信号传导途径的系统级研究。靶向蛋白组学定量技术主要包括MRM（multiple reaction monit

多肽组学

多肽组学多肽组是指生物体、细胞或组织中所有的内源性生物活性多肽。生物活性多肽是有机体中涉及各种细胞功能的生物活性物质，包括细胞因子、生长激素和体液中某些蛋白的疾病特异的降解片段等，它们与对有机体的调节，包括激素调节、神经递质调节、细胞生长与增殖调节，以及免疫调节等多个方面。研究多肽的结构和生理功能在生命科学中意义重大。多肽组学就是从结构和功能等多方面对多肽组进行研究的学科。质谱技术用于多肽组学的分

4D蛋白质组学

质谱分析蛋白质组学的基本原理主要是通过测定被测样品离子的理化性质来进行分析，根据样品的质量谱图和相关信息从而得到定性和定量结果。目前，蛋白质组学质谱分析一般是根据保留时间（retention time）、质荷比（m/z）、离子强度（intensity）这三个维度对肽蛋白质进行鉴定和定量，即3D蛋白质组学。4D蛋白质组学在3D蛋白质组学的基础之上增加了第四维度，离子淌度（mobility），主要根据离子的形状和截面对离子进行分离，能够区分

蛋白质组学生物信息学分析

随着蛋白质组学质谱分析技术的发展，蛋白质组学分析仪器精度不断提高，由此获得的数据也更多。虽然详细的蛋白质数据信息有利于对蛋白质组学进行更为深入的研究，但是高通量蛋白质组学检测生成的大量蛋白质样本数据也给蛋白质样品特征分析带来升级的挑战。依靠人工处理如此庞大的质谱信息，分析蛋白质的特征的难度极大，因此这些蛋白组学数据需要采用专业生物信息学的方法进行分析处理。百泰派克公司生物信息学分析人员专业从事蛋白