Tris缓冲液是蛋白质电泳和蛋白质印迹的组成部分。大多数SDS-PAGE凝胶、电泳缓冲液和印迹缓冲液都用Tris缓冲。
Tris缓冲液在蛋白质电泳中的应用
大多数SDS凝胶使用不连续的Tris缓冲系统。浓缩凝胶具有大孔，因此较大的肽可以轻松迁移通过，通常在pH6.7–6.8下配制。在此pH值下，离子化的氯离子会迅速迁移，从而提高它们后面的pH值并产生一个具有低电导率区域的电压梯度，这会导致甘氨酸（来自运行缓冲液）电离并迁移到氯离子前沿后面。样品中的大多数肽由于结合了SDS而带负电荷，在氯化物和甘氨酸之间迁移，形成窄带，从而“堆积”。一旦堆栈到达分离凝胶，其处于较高的pH值（通常为pH值8.7-8.8），甘氨酸的电离增加会使其加速并超过肽段。此外，较小孔径的分离胶开始产生筛分效果，导致肽段按大小分离。
大多数蛋白质印迹实验方案使用低离子强度的Tris缓冲液进行蛋白质转移。转移时间取决于印迹装置的类型和感兴趣的肽大小范围。
Tris缓冲液在核酸琼脂糖电泳中的应用
Tris缓冲液广泛用于DNA琼脂糖电泳。两种主要缓冲液是TBE（Tris硼酸盐/EDTA）和TAE（Tris醋酸盐/EDTA）。尽管不同形式的DNA的分辨率及其在电泳过程中的迁移率存在一些差异，但这些Tris缓冲液通常可以互换使用。TBE中的硼酸盐离子会抑制许多酶，因此如果在电泳后不进行某种类型的DNA纯化，一些酶介导的下游操作可能不起作用。因此，在大多数DNA实验室中，TAE缓冲液在日常使用中受到青睐。
制作Tris缓冲液
Tris缓冲液是大多数生物系统的不错选择，因为它在25°C时的pKa值约为8.1，使其成为pH7-9范围内的有效缓冲液。该pH值范围适用于大多数生物过程。Tris粉末也比更专业的缓冲液（如HEPES）更便宜且更耐用。
有两种方法可以制备Tris缓冲溶液。一种是制备所需浓度的Tris碱和Tris-HCl溶液，然后将一种溶液（通常为Tris-HCl）的等分试样添加到另一种（通常为Tris碱）溶液中，同时监测pH值直至获得正确的pH值。在实践中，很少这样做。
制作大多数常用Tris缓冲液的常用方法是仅从Tris碱基开始。将适量的Tris粉末溶于水中，用HCl调节pH值，然后将缓冲液配制成所需体积。假设在调节pH值时没有过冲，该方法不会改变离子强度。但是，在过冲并用NaOH重新调整后，或使用Tris-HCl并用NaOH调整pH值后，离子强度会发生变化。根据Tris缓冲区的预期用途，此类更改可能重要也可能不重要。
制作Tris缓冲液时，在调节pH值时使用与Tris兼容的电极很重要。当与Tris缓冲液一起使用时，单结Ag/AgCl电极会表现出不稳定性，因为银会逐渐沉淀并堵塞电极。使用双结或甘汞参比电极可确保在Tris缓冲液中进行准确的pH测量。